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FAQ
SpeedCut Enzyme
DNAが制限酵素で切断されていない。
- DNA上に制限酵素の認識部位、切断部位がない。特に、組み換えDNA技術を使用した際には塩基の欠損や変化などが起こっている可能性があります。
- 認識部位のA/Cがメチル化されている。一部の制限酵素は認識部位の塩基のメチル化に影響を受け、切断部位の切断ができなくなります。メチル化の影響について、SpeedCut Enzyme製品カタログ 11ページ「メチル化の影響」の表をご覧ください。
- DNA溶液に阻害物質が含まれる。もしDNA溶液に制限酵素の阻害物質が含まれれば、切断反応に影響を与えことがあります。この場合、DNAを再精製する必要があります。
- DNA中の高次構造の影響により制限酵素による切断反応に影響がでる場合があります。
- PCR産物の末端の場合制限酵素で切断されにくい場合があります。制限酵素の認識部位がプライマーの末端にある場合は認識部位の5'末端側に複数の塩基を追加してください。またプライマーの合成が不良の可能性もあります。
- 異なるメーカーの制限酵素を混ぜて使用することはおすすめしません。
- 酵素の保存条件などにより、酵素が失活している可能性があります。
制限酵素切断反応を行った後の電気泳動で、DNAのバンドが見えない、またはスメア状になる
DNAのバンドが見えない、またはスメア状になる場合には、いくつかの可能性が考えられます。
- DNA溶液、制限酵素、BufferのどれかにDNaseが混入している可能性があります。異なる制限酵素を使って基質DNAを切断したり、別のDNAを切断するなどにより、どちらに問題あるかを検証します。
- 過剰の制限酵素を加えることでStar活性がでる可能性があります。この場合、酵素の量を減らすことが有効です。
- 長時間の反応によりDNAが過剰に分解されている。この場合、反応時間を短めにするのが有効です。
制限酵素の活性に対して、CG methylase、dam methylase、dcm methylaseはどのような影響を与えますか?
哺乳類生物由来のDNAにあるCG配列は、CG methylaseによりメチル化され、5mCGになっていることが多く見られます。
また、遺伝子組み換え実験によく使われる多くの大腸菌株( JM109 、HB101 など)はdam methylaseとdcm methylaseを持つため、これら宿主から抽出したプラスミドDNAでは、GATC、CCWGG配列中のAまたはCがメチル化され、それぞれG6mATC、C5mCWGGになっています。
一部の制限酵素は、認識配列中にメチル化された塩基があると切断ができなくなります。
メチル化の影響を受ける制限酵素を使用する場合には、対象のDNA中の認識部位の周辺配列を確認しておく必要があります。
また、遺伝子組み換え実験によく使われる多くの大腸菌株( JM109 、HB101 など)はdam methylaseとdcm methylaseを持つため、これら宿主から抽出したプラスミドDNAでは、GATC、CCWGG配列中のAまたはCがメチル化され、それぞれG6mATC、C5mCWGGになっています。
一部の制限酵素は、認識配列中にメチル化された塩基があると切断ができなくなります。
メチル化の影響を受ける制限酵素を使用する場合には、対象のDNA中の認識部位の周辺配列を確認しておく必要があります。
Star活性を引き起こす原因と抑制方法?
Star活性を引き起こす原因には、いくつかの可能性が考えられます。
Star活性を抑制する方法:
- 高濃度のグリセロール(>5% v/v)
- 過剰な酵素
- Bufferの塩濃度、pHなど
- 長時間の反応
- 有機溶媒(DMSO、エタノール、エチレングリコール、ジメチルアセトアミド、DMF等)の混入
- Mgの代わりに他の2価イオンの使用(Mn2+,Cu2+,Co2+,Zn2+など)。
Star活性を抑制する方法:
- 酵素の量を減らす。グリセロールの濃度も下がり、過剰反応を抑えることができます。
- できるだけ有機溶媒を使用しない。
- 反応時間をできるだけ短くする。
- 2価イオンはMg2+を使う。他の2価イオンは制限酵素の正確性に影響を与えます。製品に添付されたBufferを使用すれば、通常Star活性は発生しません。
複数の制限酵素による消化(ダブルダイゼッションなど)は可能か?その方法は?
SpeedCut Enzymeは、共通のBufferシステムを採用しているため、2種類以上の制限酵素による消化が簡単に行えます。
このとき、酵素の量が総反応液量の1/10を超えないよう調製してください。
反応温度が異なる制限酵素の組み合わせの場合、まず、反応温度の低い酵素のみで反応を行い、次に反応温度の高いもう一方の酵素を追加して、2回目の反応を行うことをおすすめします。
このとき、酵素の量が総反応液量の1/10を超えないよう調製してください。
反応温度が異なる制限酵素の組み合わせの場合、まず、反応温度の低い酵素のみで反応を行い、次に反応温度の高いもう一方の酵素を追加して、2回目の反応を行うことをおすすめします。
10X SpeedCut Buffer または10X SpeedCut Green bufferの別売りはあるか?
10X SpeedCut Buffer または10X SpeedCut Green bufferの単品販売はございません。
制限酵素サイトを付加したプライマーを用いてPCR増幅し、そのPCR産物を切断したい。 制限酵素の認識配列の外側に何塩基必要か?
制限酵素により異なりますが多くの酵素はプライマー上の制限酵素認識配列から5’側に3塩基付加することにより切断できると報告されています。
さらに詳しい情報については、Zimmermann, K.(1988)BioTechniques 24, 582-584をご覧ください。
さらに詳しい情報については、Zimmermann, K.(1988)BioTechniques 24, 582-584をご覧ください。
10X SpeedCut Green bufferに含まれる色素は下流の実験に影響するか?
10X SpeedCut Green bufferに含まれる緑色素は下流の蛍光分析に影響を与える可能性があります。下流の分析で蛍光検出を使用する場合、10X SpeedCut Bufferをご使用いただくことをおすすめします。
核酸染色試薬
廃棄はどうすれば良い?
お客様の廃棄ルールに従っての廃棄をお願いします。
当該製品は毒劇物ではない一般研究用試薬です。
当該製品は毒劇物ではない一般研究用試薬です。
希釈倍率は?
当該製品はx10,000濃縮品のため、10,000ulに対し、1ulを添加してご使用ください。
100ml(100,000ul)の場合は10ulを添加となります。1000ulであれば0.1ulです。
先染め用ゲルを、一般的なミューピッドのゲルトレイ-Sで作製する場合、ゲル体積/12.5mlに対し、染色試薬量は1.25ulです。
100ml(100,000ul)の場合は10ulを添加となります。1000ulであれば0.1ulです。
先染め用ゲルを、一般的なミューピッドのゲルトレイ-Sで作製する場合、ゲル体積/12.5mlに対し、染色試薬量は1.25ulです。
バンドが歪んでしまいます。
先染め用ゲルで泳動する場合、分子量1kb以上のバンドでは歪みが発生することがあります。
お客様の扱う分子量が大きい場合は後染めでのご使用を推奨いたします。
お客様の扱う分子量が大きい場合は後染めでのご使用を推奨いたします。
後染で使用した溶液は何回使用できますか?
弊社ではシングルユースを推奨しております。リサイクルでの使用テストしておりません。
毎回のフレッシュなゲル染色溶液のご使用をお勧めしています。
毎回のフレッシュなゲル染色溶液のご使用をお勧めしています。
オートクレーブに対応しますか?
アガロース溶液に染色試薬を添加作製しオートクレーブしてご使用いただけます。
※ご使用状況が異なる場合があるので、実際にサンプルでお試しください。
※ご使用状況が異なる場合があるので、実際にサンプルでお試しください。
先染用にゲルをつくり置きしたい。保存は出来ますか?
蛍光物質が含まれるため、遮光が完全でないと蛍光力が損なわれるため、
毎回、フレッシュなゲル染色溶液のご使用をお勧めしています。
※完全遮光状態で保存のですと、ご使用いただける場合もございます。
お客様のご判断でお試しください。
●つくり置きユーザー様のご使用実績として
いつでも使えるようにメディーム瓶で3Lのアガロース溶液に予め染色試薬を入れて作り置きしている。
60℃の恒温槽で一ヶ月保存。保存条件:恒温槽にて完全遮光保存。
▲保存状態により条件が異なるため、ご使用を保証するものではありません。
毎回、フレッシュなゲル染色溶液のご使用をお勧めしています。
※完全遮光状態で保存のですと、ご使用いただける場合もございます。
お客様のご判断でお試しください。
●つくり置きユーザー様のご使用実績として
いつでも使えるようにメディーム瓶で3Lのアガロース溶液に予め染色試薬を入れて作り置きしている。
60℃の恒温槽で一ヶ月保存。保存条件:恒温槽にて完全遮光保存。
▲保存状態により条件が異なるため、ご使用を保証するものではありません。